熊本市内の路面電車が走っている大江というところに、味噌天神という地名があります。
713年(奈良時代)、元明天皇の時代に悪疫が流行して多くの死者が出て人々は悩み苦しみました。
そこで国司は疫病平癒祈願のために「御祖天神（みそてんじん）をまつったところ、まもなく疫病は治まったと伝えられています。




741年、聖武天皇の時代に諸国に国分寺がおかれました。
肥後国分寺は現在の熊本市出水町に建てられ、寺の僧侶や信徒は朝夕の食事によく味噌を用いました。
その味噌倉は現在地の近くにありました。


ある年、大量の味噌が腐敗し、困り果てた僧侶達は「御祖天神」に祈願をしたところ、神のお告げに『境内にある小笹を取り味噌桶の中に立てよ』とのおぼしめしがあり、その通りにしてみました。

　すると不思議にも美味な味噌に変わり、人々は大喜びしてますます信仰をたかめ、日本国中唯一の味噌の神として「味噌天神」の愛称で広く全国に伝えられました。

その後平安時代になってから、学問の神・菅原道真公もおまつりされました。

1945年熊本大空襲で戦災に遭い、当宮は全焼しましたが、1957年に再建されて今日に至っています。

建立地名から、「本村神社」とも言われます。

毎年10月25日には例大祭が行われ、味噌が振舞われます。